Während der vorgeburtlichen Entwicklung eines Kindes im Mutterleib ist sein Darm vollkommen steril. Nach der Geburt beginnt die Besiedelung durch mehr als 400 verschiedene Bakterienarten.

Die Darmoberfläche eines gesunden Erwachsenen wird natürlicherweise von etwa 100 Billionen Bakterien bewohnt. Dies entspricht in etwa einem Gewicht von 1,5 Kilogramm.

Die Gesamtheit aller Mikroorganismen des Darmsystems bezeichnet man als Darmflora. Dieser Begriff ist etwas irreführend, denn er stammt aus einer Zeit, als man Bakterien noch dem Pflanzenreich zuordnete.

Das weitgehend konstante Milieu im Darm führt beim Gesunden zu einem stabilen bakteriellen Ökosystem. Wird dieses Gleichgewicht durch Medikamente, Stress, Schadstoffe oder ungesunde Ernährung gestört, kommt es zu Verschiebungen. In der Folge vermehren sich krank machende Bakterienstämme und verdrängen gesundheitsfördernde Arten.

Ist die Darmflora aus dem Gleichgewicht geraten, spricht der Mediziner von Dysbiose.